在太和五年屯长安，都督雍、凉二州诸军事，开始主持对蜀的战争。为了增强实力，很重视对关中屯田基地的建设。
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司马懿在世的时候，在魏国威望是相当之高的，即使毌丘俭、文钦在其死后讨伐司马师，檄文中依然对司马懿有“故相国懿，匡辅魏室，历事忠贞”等赞誉。
史书上称其使“天下欣赖”“天下大悦”。
到晋朝初年，司马炎在太康年间做到了“天下无穷人”的太康之治，人们对推动三国统一的司马懿还是相当推崇。乃至司马遹被传像司马懿，而能在当时“誉流于天下”。
司马懿的名声毁败，是从永嘉之祸以后开始。
其不肖子孙自相残杀带来诸多浩劫，南方的东晋，又长期被世家大族把持，司马懿在人心中的地位也逐渐下降。
晋室南渡，情况与当年蜀汉类似，以蜀汉为正统的呼声日高；东晋灭亡后，情况更加明显，到隋唐时代，民间说书戏曲日盛；而唐代官修的《晋书》，以帝王的立场更不鼓励效法。
到明代《三国演义》之后，“空城计、火熄上方谷、见木雕魏都督丧胆”等不实的司马懿形象就被演义广传于民间了。
李世民为《晋书·宣帝纪》作史论：“宣皇以天挺之姿，应期佐命，文以缵治，武以棱威。用人如在己，求贤若不及；情深阻而莫测，性宽绰而能容，和光同尘，与时舒卷，戢鳞潜翼，思属风云······文帝之世，辅翼权重，许昌同萧何之委，崇华甚霍光之寄。当谓竭诚尽节，伊傅可齐。及魏明帝将终，栋梁是属，受遗二主，佐命三朝，既承忍死之托，曾无殉生之报。
······顺理而举易为力，背时而动难为功。况以未成之晋基，逼有余之魏祚？虽复道格区宇，德被苍生，而天未启时，宝位犹阻，非可以智竞，不可以力争，虽则庆流后昆，而身终于北面矣。”
李世民对司马懿的评价十分高。
扶苏对司马懿的评价也十分高，但是因为《三国演义》的影响，扶苏还是觉得，诸葛亮比较好。