羌族起事，于是州郡官员招募勇士组建军队，想要征讨叛乱。
马腾应征入伍，受到州郡官员的重视，被任命为军从事之职，统率部众攻打起事者，后因征讨立下战功，晋升为军司马之职。
中平四年（187年）四月，耿鄙率兵讨伐王国、韩遂，到韩遂狄道时，李相如作乱，与韩遂等人共杀耿鄙。
后耿鄙部将马腾也拥兵反汉，联合汉阳人王国和韩遂等人，自号为“合众将军”。马腾等人推举王国担任主帅，率部劫掠京师三辅之地。
中平五年（188年），王国率部围困陈仓，被前将军董卓与左将军皇甫嵩率部击败，后王国被马腾、韩遂等人杀死，马腾等人又劫持原信都县令阎忠为主帅，但阎忠不愿被胁迫，后感染疾病而死，马腾与韩遂等人便统帅各自部众，互相争夺权力，势力进一步削弱。
中平六年（189年），汉灵帝去世后，大将军何进、司隶校尉袁绍召董卓入朝诛杀十常侍。
董卓入京前，邀请马腾、韩遂共同谋取山东[d]，二人认为天下已经大乱，想要依靠董卓起兵，后马腾被任命为征东将军。
初平三年（192年），马腾、韩遂率部抵达长安，但董卓已死，于是朝廷任命马腾出任征西将军，屯兵于郿县，韩遂出任镇西将军，派往金城（今甘肃兰州）镇守。
兴平元年（194年），马腾入朝并屯兵霸桥（今陕西西安城东），因有私事求助于李傕，没有得到应允，后联合侍中马宇、右中郎将刘范、前凉州刺史种劭、中郎将杜禀共同攻打李傕。
马腾上表称军队补给不足，奏请移驻池阳（今陕西泾阳西北），后屯兵于长平岸头（今陕西泾阳泾河南岸）。
韩遂听闻此事，率部前来劝解李傕和马腾，不久后马腾与韩遂联合，于长平观（今陕西泾阳县西南）被郭汜、樊稠等人击败，种劭[shào]、刘范等人全部战死，马腾与韩遂率部退守凉州。
后李傕赦免马腾与韩遂，双方讲和，并任命马腾担任安狄将军，韩遂出任安降将军。
李傕和郭汜为争夺权力，互相攻击，造成三辅动乱。马腾放弃东征计划，与镇西将军韩遂结为异姓兄弟，起初两人之间非常亲近友善，后马腾与韩遂的部将相互争夺地盘，成为仇敌。
马腾率部击败韩遂，后韩遂联合其他将领攻打马腾，并杀掉马腾的妻儿，
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