余党羽投降，岳钟琪受降并安置了这些人，事后上奏朝廷，并建议改庄浪卫为平番县。
雍正帝下旨再授岳钟琪兼甘肃巡抚，督办甘肃、青海两地军务政要。
雍正三年四月，年羹尧被解除兵权，雍正改授他为杭州将军，而岳钟琪也被命令上缴奋威将军印，被任命为川陕总督。
任职期间，岳钟琪上奏请求恢复河州、松潘互市；
又整肃川陕官场，肃清官风。
他视察民情，于雍正四年冬奏请摊丁入亩减轻川陕百姓的负担。
后于雍正五年春，他主持调节少数民族首领之间的领地纠纷，在当地推行改土归流之策。
雍正五年秋，成都有人散播谣言，称岳钟琪将要带兵造反。
岳钟琪听闻后上奏此事，表明清白。
雍正帝命人严查，查出是一个寄居四川的湖广人卢宗因为私事造谣，幕后无主使者，于是论斩此人。
雍正六年，道士李不器捏造岳钟琪谋反，雍正帝不相信谣言，于十二月初十下谕旨还岳钟琪清白。
过了一年，又有湖南靖州生员曾静，派其徒张熙致信岳钟琪，劝他一同造反。
岳钟琪设计抓捕二人并上疏此事，雍正帝褒奖岳钟琪忠心。
当初罗卜藏丹津败走后投奔准噶尔，大首领策妄阿喇布坦接纳了他。
“雍正七年，策妄阿喇布坦死后，噶尔丹策零继位，多次侵掠喀尔喀诸部。”
“岳钟琪被任命为宁远大将军，奉旨西征讨伐。”
“雍正八年五月，岳钟琪请求让四川提督成斌护持大将军印。”
“西征大军集结在巴密、巴里坤之间，准噶尔听闻后派两万多大军突袭抢夺清军马匹。”
“纪成斌命令副参领查廪率万人保护牧厂，却抵御不住准噶尔兵，后总兵樊廷及副将冶大雄等与敌拼死激战七昼夜，终将叛军击溃，夺回部分被劫驼马，清军损失惨重。”
“当时岳钟琪已被调遣回镇，朝廷认为应当在卡伦外筑城驻兵，出游兵击敌，士兵不敢深入，令岳钟琪详议。”
“雍正九年春，岳钟琪请求驻兵吐鲁番、巴尔库尔，以便深入敌营。”
“朝廷下旨申饬岳钟琪，说他此前轻言长驱直入，被敌人盗走驼马，现在想直捣敌营能否有必胜的把握。”
“同年，岳钟琪得到部下禀报，说噶尔丹策零将转移到哈喇沙尔，大部队奔赴西路，并令其部将小策零敦多卜进犯北路。”
“岳
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