最终刘璋出城投降；刘备占领益州，
大举犒赏将士，李严被提拔为兴业将军，出任犍为郡太守。此时益州在刘璋治理下法纪松弛，
刘备遂命军师将军诸葛亮、扬武将军暨蜀郡太守法正、昭文将军伊籍、左将军西曹掾刘巴和李严五人共同制定《蜀科》，奠定了蜀汉法律体系的基础。
汉献帝建安二十三年（公元218年），盗贼马秦、高胜等人在郪县起兵造反，招集起数万人的队伍，攻打资中县。
当时刘备正在汉中与曹操作战，无法分兵平叛，李严也没有向汉中的军队求援，而是带领本郡的五千人马前往讨伐平叛，
斩杀了马秦、高胜等叛乱首领，他们的余党自然溃散，李严不加追究，全部登记在册，恢复他们的百姓身份。
不久，越嶲郡的蛮夷部族首领高定叛乱，派遣军队包围了新道县。李严率军驰援平叛，很快就击败了敌人，
余众都溃散而逃。李严也因功升任辅汉将军，依然兼任犍为郡太守。
蜀汉章武二年（公元222年），刘备率大军攻打孙吴，遭遇夷陵战败，率残兵退守永安（今四川省奉节县）。
刘备征召李严前往永安行宫，提拔他担任升任尚书令。次年，刘备病重，李严与丞相诸葛亮共同接受遗诏辅佐，
辅佐继位为帝的后主刘禅；刘备任命李严为中都护，统率内外一切军事指挥，并留在永安县镇守。
蜀汉建兴元年（公元223年），李严被封为都乡侯，假节，加授光禄勋。蜀汉建兴四年（公元226年），李严又升任前将军。
诸葛亮要出兵进驻汉中，为北伐曹魏做准备，李严负责处理后方事务，从永安转移到江州（今重庆渝中区）驻扎；
征西将军陈到接替李严驻守永安，陈到的军队也归属李严指挥。
蜀汉建兴八年（公元230年），李严升任骠骑将军。同年秋天，魏明帝曹叡派遣司马懿取道西城，
张郃取道子午谷，曹真取道斜谷，兵分三路大举进攻汉中。诸葛亮命令李严紧急带领两万人马驰援汉中；
诸葛亮又上表后主刘禅，任命李严的儿子李丰担任江州都督，统率江州地区的军队，
负责处理李严离开后的公务。因为大雨冲断道路，曹真等人被迫退军。
诸葛亮屯兵汉中，考虑到第二年要出兵北伐曹魏，任命李严以中都护的身份代行丞相职权，处理丞相
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