了廷尉郭禧、光禄大夫桥玄、前任太尉刘宠等善于谋划之人，认为汉灵帝可以向他们咨议朝政。
汉灵帝看了蔡邕的奏章后感慨不已，起身如厕；中常侍曹节趁此机会偷看了奏章，并将内容透露给其他官员；那些被蔡邕弹劾的官员得知后，全都对他侧目而视，伺机报复。
中常侍程璜很快差人写了匿名信诬告蔡邕。程璜知道蔡邕与司徒刘郃不睦已久，就声称蔡邕是因有私事请托刘邰不成，公报私仇，故意中伤刘邰。
蔡邕很快以假公抱怨，诬害大臣的大不赦之罪被捕下狱，并被判处死刑。
中常侍吕强怜悯蔡邕无罪，上书为其求情。汉灵帝爱惜蔡邕之才，于是也降诏免其死罪，但是蔡邕和他的家人也就此被流放到了北方。
流放途中，中常侍程璜女婿，酷吏阳球还派出刺客追杀蔡邕，不过刺客被蔡邕的忠义所感动，不忍下手，蔡邕才免于一死。
阳球不肯善罢甘休，又贿赂当地官员，要求毒杀蔡邕。受赂的人反而把消息告诉了蔡邕，要他提高警惕。蔡邕再次逃过一劫，此后他定居五原郡安阳县
蔡邕在东观担任郎中时，曾与卢植、韩说等人修撰《后汉记》，遭到流放时，书稿还没来得及完成。
蔡邕因此上书汉灵帝，奏明他所著的《汉记十意》，并将这《十篇》按条目分好，附录在奏章的后面。
汉灵帝爱怜蔡邕的才学，又适逢第二年天下大赦，便宽宥了蔡邕，准许他从流放地回到家乡。蔡邕自从流放到被赦免，前后历时九个月。
蔡邕将要启程还乡之际，五原郡太守王智为他践行。席间，王智起身歌舞助兴，座下的蔡邕却对他的示好之举无动于衷。
王智是中常侍王甫的弟弟，素来性情骄傲，蔡邕的举动让他觉得在宾客面前颜面尽失，便怒骂蔡邕轻视自己，蔡邕拂袖而去。
王智怀恨在心，随即密报朝廷，诬陷蔡邕在流放地心怀怨恨，对朝廷多有诽谤之言；宫里的宦官宠臣更加厌恶忌惮蔡邕。
蔡邕自知回到京城不能幸免于难，索性自我放逐，从此隐居于吴郡、会稽郡等地，生活了十二年。
中平六年（公元189年），汉灵帝去世，少帝刘辩继位；大将军何进征召董卓进京，谋诛宦官，因事情败露，何进被杀，董卓率兵进入京城，专权擅势、把持朝政。
董卓知道蔡邕名气很大，特地征召他入
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