董卓，长揖行礼而已。董卓让王允举荐人才担任司隶校尉，王允于是举荐了盖勋。
王允看到董卓祸乱朝纲，篡逆之心显露无疑，暗中与司隶校尉黄琬、尚书郑公业等人密谋诛杀董卓。
王允上表，推荐护羌校尉杨瓒代行左将军职事，又举荐执金吾士孙瑞为南阳郡太守，诏令二人率领军队出兵武关，以讨伐袁术为名，实际上打算兵分几路讨伐董卓，然后护送天子返回洛阳。
董卓心存怀疑，将二人留在长安；王允又推荐士孙瑞担任仆射，杨瓒担任尚书。
初平二年（公元191年）四月，董卓率军抵达长安，追评护送天子入关的功臣，封王允为温侯，食邑五千户。
王允推辞不肯接受；士孙瑞劝谏王允，不如接受爵位封赏，借此与董卓周旋。王允听从，接受食邑二千户。
初平三年（公元192年）春天，大雨一连下了六十多天，王允与士孙瑞、杨瓒登上高台祭天祈求放晴，在台上密谋诛杀董卓。
士孙瑞奉劝王允，从内部分化瓦解董卓的势力更容易成功，事不宜迟，早下决心。王允于是暗中收买董卓的部将吕布作为内应。
恰逢汉献帝患病痊愈，朝臣在未央殿聚会庆贺。王允与士孙瑞秘密上奏汉献帝，派遣士孙瑞手持皇帝密诏授予吕布，诏命诛杀董卓。
吕布与骑都尉李肃率领勇士十余人，伪装成侍卫在北掖门内埋伏。董卓的车驾进入宫门，李肃等人当即持戟刺杀董卓。
董卓受伤坠车，本想呼叫吕布救驾；吕布掏出诏书传示众人，然后杀死董卓。董卓死后，王允又将他夷灭三族。
董卓既死，王允本来打算赦免董卓的部下，吕布也多次劝说王允。但是后来王允又心存疑虑，认为这些人跟随董卓叛乱，如果定为谋逆之罪再予以赦免，恐怕他们会起叛心，不是好办法。
吕布又劝谏王允，将董卓搜刮的金钱财物赏赐给朝中公卿、将校，王允没有答应。王允内心又瞧不起吕布，认为他只是匹夫之勇的剑客。
吕布自认为诛杀董卓有功，常常自我吹捧，看到王允轻视自己，颇感失望，心中渐有不平之意。
董卓死后，王允自以为不会有什么灾祸，因此与朝中公卿、将校交往时，不再温润和蔼；他又依仗重臣身份，不考虑权宜之计，致使朝臣都不愿归附。
董卓手下将领及担任官职的多是凉州人，王允打
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