院剩下的理藩院，完全由朱由检任命，他选择黄立极担任掌院，孔贞运担任内藩部长、曹思诚担任外交部长，一同协理理藩院。
外藩部长周永春、宗正寺右少卿曾楚卿，同样也属于理藩院大臣。
至此，京城五院大臣，已经完全任命。
南京朝廷的很多官员，被充实到北京任职。
朱由检因此又对南京朝廷进行大规模调整，补充空缺官员。
——
最重要的南京兵部尚书，朱由检选择了吕图南担任。用这个九卿中的帝党，加强对南京的控制。
他还被任命为南京枢密院佥事，负责南京朝廷的五院组建。
南京兵部右侍郎孙居相，这次被转任南京户部左侍郎。
他空出来的职位，被朱由检任命傅振商担任。
此人是群臣推举出的人才，曾任南赣巡抚，以“知兵善谋”闻名朝野。朱由检想在南京兵部的职位上，看看这个人的能力。
南京吏部尚书孙慎行，是红丸案的发起者，也是当前最有威望的东林党人之一。
朱由检之所以同意起复他，是看重他开国功臣后裔的身份。
孙慎行的祖先，是配享太庙的燕山忠愍侯孙兴祖。孙兴祖之子孙恪，还因为捕鱼儿海之功被封全宁侯，后来被蓝玉牵连而死。
如今朱由检给蓝玉案平反，并且给列入功臣庙的功臣后裔尽皆授予海外伯爵爵位。当然要抬出个代表，表明自己的诚意。
孙慎行因此被起复，在红丸案被重新定性后，朱由检把他列为南京官员候选，他被廷推为南京吏部尚书。
南京吏部左侍郎林欲楫，这次被提升为南京户部尚书。朱由检想要再看一下，这位翰林院出身的官员有没有干才。
如果不是很有才干的话，凭他的晋江官员身份，以后就没必要来北京。
南京礼部右侍郎李孙宸，被提升为南京吏部左侍郎。
接替他职位的，是万历三十五年状元、原任礼部右侍郎黄士俊。
他和南京礼部尚书孟绍虞搭档，执掌南京礼部。
南京刑部尚书胡应台，被人弹劾曾在吴中卷地皮，而且在担任两广总督时激起民变、被接任的两广总督何士晋弹劾冒饷数万。
朱由检命人查明后，削去胡应台的官职。因为他是湖广浏阳军籍进士、还曾向辽东战场解送红衣大炮，被免死抄家流放海外，派去南洋辅佐郭尚友。
空出来的南京刑部尚书一职，被群臣廷推漕运
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