益州行台罢撤后，他是益州大都督府长史兼遂州都督，而行台左仆射窦轨，与韦云起向来不和，一直对朝廷奏称獠人叛乱，要发兵严厉镇守，可韦云起和行台民部尚书郭行方就一直反对，
这三人是水火不容。
不断上书朝廷，互相攻击。
六月初四日事变后，朝廷消息传到了益州。
韦云起的堂弟韦庆俭、韦庆嗣之前都是东宫任职，算是太子党人。
窦轨把韦云起和郭行方二人召到益州，称建成、元吉谋逆作乱，益州大都督府从此受秦王节制。
韦云起不肯相信，想要查看诏书，
窦轨就说他是废太子党羽，如今又不奉诏，反意已显，于是摔杯为号，顿时亲兵涌入，擒下韦云起和郭行方二人，
这大都督府的长史、司马，也各还兼任一个都督之职，
也是堂堂三品大员，
结果就这样被窦轨咔嚓掉了。
事情就是这么一个事情，
益州大都督、酂国公窦轨，杀了自己的长史韦云起和司马郭行方。
事后，还顺便又杀了韦、郭二人的一些族人。
包括流放酅州，得到赦令后，高兴的返回长安，半路途经益州，来拜访下同族的韦云起，
结果正好撞到窦轨刀上，
窦轨正以韦郭谋反余党罪名，搜捕他们的族人呢，韦挺一头撞上来，于是窦轨把他也杀了。
“这个窦轨，简直是胆大包天！”萧瑀骂道。
窦轨这人，带兵是有些本事的，但也确实很凶狠，他带兵打稽胡时，被伏击，部众败却，窦轨一口气连杀十四名部将，火速提拔小校代替，重新作战，亲自率骑兵在后面督战，硬是扭转战局，反败为胜。
他作战，手下作战有畏敌者，立即斩首，将士虽犯小过，也要鞭打的流血满地。
他初入蜀中任职，带外甥在身边为心腹，可就因他要外出，外甥没能按时前来，便被他斩首示众。
他曾不许家奴外出，结果自己派家奴出外取东西，等家奴回来，他却说家奴不守他的命令，将他处死，监刑官觉得这样不合理，窦轨把监刑官一起斩了。
行台郎中赵弘安，那是当今名士，结果窦轨瞧他不顺眼，动不动就抽他鞭子，有事没事抽赵弘安，一年被抽了几百鞭。
可这样一个酷吏，
却在蜀中一直做着最高军政长官，
说到底，还是蜀地偏远，改朝换代之际，不好治理，此前皇帝女婿段纶镇守
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