况，还有加上教派因素。
早在元朝建立之前，蒙古势力就和高原上的萨迦派进行了联系。宗王阔端邀请了教主萨迦班智达，带著他的侄子八思巴去凉州会晤，此后双方就开始合作，把吐蕃地区并入蒙古汗国。到蒙哥时期，还派了人专门去勘察当地的人口、地界，第一次在当地确立了户籍。
忽必烈继位之后，延续这方面的政策，继续推崇八思巴，尊为国师，还让他管理乌斯藏干三个万户。把他的助手释迦桑波任命为实际管理行政事务的「本钦」，给他万户的官职。之后这些任命，就延续了下来。
不过早在那时，各个教派之间，矛盾就十分尖锐了。教派冲突，甚至可能本来就是不同地区之间的地方矛盾。但各个教派得到器重，自然让他们成为了最好的表达需求的工具。
这个问题还不止引发了元朝内部的冲突。至元十八年，由于萨迦派干预止贡派内务，两派产生纠纷，并不断升级。见到萨迦派有元军撑腰，止贡派干脆直接引来伊儿汗国军队，主动攻打萨迦派。不过元军此时还比较强，成功击退了伊儿汗国，还攻破了止贡万户，史称「止贡之变」。
除此之外，至元二十年，必里公万户与萨斯迦派的矛盾也爆发了，并且也同样在不断升级激化。必里公也意识到需要外援，派找到了察合台汗国的汗王笃哇。笃哇此时也在率领蒙古人反元，知道之后非常乐意。于是他们也加入了进来，导致整个高原打成了一锅粥————
到元末的时候也差不多。明朝在河潢地区搞抽象的时候，反而没有和唐朝那样，遭到高原方面的压力。原因就是，吐蕃那边自己也在打内战。以至于「山后部落诸酋自相雄长，战斗无虚日，民歼于兵，城池室庐鞠为茂草」。
而且，蒙哥、忽必烈在乌斯藏设立驻军、派遣官员清查户籍的行为，在国家管理层面或许是一种进步，但对于当地土人，却是实打实的灾难。
为了确保元朝在乌斯藏的统治，忽必烈在道路沿途设立了众多驿站，并且和其他地方一样，设立站户来维持运营。由于驿站运营的成本太高，都压在站户身上，几乎不可能维持，因此各地蒙古站户总是很快破产，然后大批逃亡。甚至有人因为还不起债，卖完了家人自己，最后干脆把自己也卖了的。
而在高原上，情况还要更加恶劣。在这里
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