休整。清廷命王得禄、邱良功分任福建、浙江提督，合兵围攻。起义军长期作战，伤亡甚重，内部分裂。十四年八月，蔡牵与清军闽浙水师连续交战于浙江渔山外洋，遭清军围击，寡不敌众，发炮自裂座船，与妻小及部众250余人沉海。次年，余部1300人降清。至此，蔡牵起义失败。
嘉庆七年(1802年)七月，广东博罗县陈烂屐四发动上万人参加的反清的天地会起义。
嘉庆八年(1803年)闰二月二十日，嘉庆从圆明园返回大内，将进顺贞门，突然有一汉子冲出行刺，嘉庆的随从一百多人一时被惊呆，亏得在场的几个亲王卖命格斗，才将刺客擒住。原来，他叫陈德，是个平民，因贫困无比，愤恨满清统治的压榨，才舍身潜入皇宫，准备刺杀皇帝。事后，陈德一家被残杀。
嘉庆十八年九月，爆发了北京天理教首领林清起义，攻入皇宫。天理教又名八卦教，是白莲教的一个支派，传布于河北、山东、山西、河南各地，按八卦分为八区组织教徒。河南滑县李文成和北京林清是主要教首。预定在嘉庆十八年九月十五日(阴历)八方同时起义。但因李文成行动暴露，被捕入狱。滑县群众遂提前于九月七日(阴历)起义，救出李文成，占据滑县城。李文成自称“大明天顺李真.主”。林清则按期起义，在京南黄村组织武装，以200人潜入城内，在入教太监刘进亨引导下，分由东华、西化门攻进清宫。其时嘉庆帝正在热河围猎，宫中惊慌万状。皇次子(上日下文)宁调来火器营、健锐营兵入宫，战于隆宗上外。义军寡不敌众，退出皇宫。10月16日，林清在黄村被捕牺牲。李文成军在夺取滑县后，又占领道口镇等地。清廷调杨遇春、杨芳率军镇压。12月17日，李文成在司寨(今辉县地)兵败，自焚而死。1814年1月4日，清军攻陷滑县，李文成妻张氏在击杀数十人后，关门自缢。起义最后失败。这次起义，因为林清攻入紫禁城，震撼极大。嘉庆帝承认：此乃“汉、唐、宋、明之所未有”，“从来未有事，竟出大清朝!”
天理教起义之后，昏庸的嘉庆不思减轻对人民的压榨剥削，反而荒唐的认为是皇宫里的树木坏了风水，于是下令将宫内树木全部伐掉。后代皇帝从祖训，也不重新种植树木，致使今日故宫
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