长崎港若是失守，幕府联军的海上补给将会被彻底切断，岛原半岛的三万联军将会陷入绝境，所以，他只能硬著头皮，下令抵抗。
「开火！」
幕府水师守将一声令下，二十余艘幕府战船同时发射火炮，密集的炮弹朝著明军水师的战船飞去。
但幕府火炮的射程有限，大多数炮弹都落在了海中，激起巨大的水花，只有少数几枚炮弹击中了明军战船，却被坚固的船体弹开，没有造成太大的损伤。
邓世忠见状，冷笑一声，下令道：「开火！全力轰击！」
随著他的一声令下，明军水师的数十艘战船同时发射佛郎机炮，密集的炮弹如同雨点般，倾泻在幕府水师的战船上。
佛郎机炮的射程远、威力大，炮弹击中幕府战船后，瞬间将船体炸得粉碎，木屑四溅，水师士兵们纷纷落水，惨叫声、爆炸声交织在一起，响彻云霄。
明军水师的战船不断推进，持续轰击幕府水师的战船，一艘艘幕府战船被击中、沉没，幕府水师的士兵们伤亡惨重，士气低落，纷纷弃船逃窜，根本无法组织起有效的抵抗。
幕府水师的守将见状，深知大势已去，若是继续抵抗，只会全军覆没，于是只能下令，率领残余的几艘战船，狼狈地逃离长崎港，朝著有明海的方向逃窜。
「追！」
邓世忠一声令下，率领明军水师，紧随其后，追击幕府水师的残余战船。
此次海战，明军水师摧毁幕府战船十余艘，歼灭、俘获幕府水师士兵五百余人，自身仅伤亡百余人。
追击途中，邓世忠按照沈有容的部署，率领明军水师，闯入有明海。
有明海是九州西部的重要海域，连接著长崎、佐贺、博多等港口，是幕府联军海上运输的重要通道，驻扎著幕府水师的十余艘战船，负责守护海上运输线，为岛原半岛的幕府联军运送粮草与援军。
幕府水师的残余战船逃入有明海后，与驻扎在有明海的幕府战船汇合，试图抵抗明军水师的进攻。
但此时的幕府水师，只剩下二十余艘战船，士兵们伤亡惨重，士气低落，根本不是明军水师的对手。
邓世忠率领明军水师，发起猛烈进攻，佛郎机炮持续轰击，幕府战船被一艘艘击沉，残余的士兵要么战死，要么投降，少数人乘船逃窜，却被明军水师拦截，尽数俘获。
经过半日的激战，明军水师彻底掌控了
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