、三河县、香河县和武清县四个县。
后来，为了让通州的职能更加专注于漕运和粮食仓储，朝廷又将通州降格为“散州”，将原其下统领的三河、武清、香河三县划归顺天府直辖。这一调整，使得通州成为了大明王朝漕运体系中的重要枢纽。
不过，随着时间的推移，通州的漕运也遇到了一些问题。明代初期，朝廷将通惠河在原皇城东墙外的部分圈入了皇城城墙内，又将元大都的南城墙向南扩展，这就使得原有的通惠河沿着大都南城墙的一段河道，被整体圈入新的都城内，并改为了地下暗河。
这一改动，直接导致通惠河从今天东便门附近“断流”。再加上此后多年，朝廷一直没有对通惠河进行疏浚，河道内淤泥堆积，形成了较为严重的淤塞现象，使得漕运船只难以顺利抵达京城。
无奈之下，很多运粮的商队只能选择陆路，将粮食从通州运往京城。久而久之，在京城东大门朝阳门内，就形成了大量的粮仓聚集区，而这条从通州到朝阳门的运粮官道，也逐渐成为了北京东部的重要交通要道。
尽管通惠河出现了淤塞问题，但通州的漕运依旧十分繁忙，甚至达到了盛极一时的状况。每年阴历三月初一，北直隶、河南和山东诸省的运粮船，就会沿着运河陆续抵达通州；到了四月，安徽的运粮船会到来；五月是南直隶；六月则是浙江、湖广，这种繁忙的景象会一直延续到十月，各省区的船帮都会按照规定的日子，准时抵达通州。
按照朝廷的规定，每一支船帮在通州只能逗留十天。由于时间紧迫，卸货任务繁重，再加上大量的商人、船工聚集在此，直接导致了通州城“城门夜不闭，灯火烂星光”的繁忙景象。
通州漕运的繁盛，也让孔希贵等一批负责漕运的官员大发横财。他们利用手中的权力，向商队收取高额的“管理费”，甚至暗中克扣粮食，中饱私囊。积累了大量财富后，孔希贵等人又开始在通州大肆购买土地，逐渐成为了通州的大地主。