后，深受感动，特意派遣使节赶赴石柱，加封秦良玉为太保兼太子太保衔，封忠贞侯（钱海岳《南明史》记载为忠州侯）。与此同时，近在西南的永历帝朱由榔也加封秦良玉为太子太傅，任命她为四川招讨使，仍以镇东将军的身份督兵平定川中的叛军。
秦良玉接到隆武帝和永历帝的诏书后，心中十分激动。她对着南方的方向深深一拜，说道：“臣秦良玉，定不负陛下信任，坚守石砫，与反贼抗争到底！”虽然此时的大明早已名存实亡，各地的明军将领或降或叛，但秦良玉依旧没有放弃，她率领着麾下的残兵，在石砫坚守着大明最后的尊严。
清顺治五年（1648年），秦良玉走完了她传奇而又悲壮的一生，享年七十五岁。在她去世前，她还特意嘱咐麾下的将士，要继续坚守石砫，不可投降清军。将士们含泪答应，始终没有忘记她的嘱托。
秦良玉去世后，她的部下为了防止她的陵墓被叛军或清军破坏，特意为她举办了四十八处葬礼，将她的灵柩分别葬在不同的地方。事后，负责埋葬的人又都中毒而死，使得秦良玉的真正陵墓成为了一个谜。如今，现存的秦良玉墓有三处：
第一处位于石柱县城东7公里的回龙山上，建于清顺治年间，总面积为320亩。墓区内不仅有秦良玉的墓，还有秦良玉的衣冠冢、她儿子马祥麟的墓、她兄长秦邦屏、弟弟秦民屏的墓，以及她的后裔马光仁、马佑昭，麾下将官马德间等人的墓，共计二十座。在秦良玉的衣冠冢前，有石俑、石马、石羊、石狮等石雕分列两旁，气势庄严，仿佛在守护着这位巾帼英雄的英灵。
第二处是秦良玉东墓，墓碑上刻有“秦良玉之墓”五个大字，旁边还刻有“明上柱国光禄大夫镇守四川等处地方提督汉土官兵总兵官挂镇东将军印中军都督府左都督太子太保忠贞侯”的铭文，详细记载了秦良玉一生的官职与荣誉。
第三处是秦良玉西墓，主碑上刻有“马母秦氏贞素之墓”，两旁则分别刻有“明万历二年甲戍岁吉诞”“卒于清顺治五年戍子岁”“孝男马祥麟立”等铭文，记录了秦良玉的出生与去世年份，以及立碑之人。
秦良玉祠，又称太保祠，始建于清朝乾隆壬午年（公历1762年），嘉庆十九年（1815年）进行过修葺。后来，祠堂被改为村小学校，
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