旗阵亡一百四十九人，其中包括护军参领二人、牛录章京三人、侍卫十五人、护军校一人、骁骑校一人、护军及披甲九十二人、旗人八人、包衣二十七人；蒙古八旗阵亡披甲人十二人；汉军阵亡二十七人，其中包括牛录章京一人、小拔什库五人、披甲人二十一人；三顺王所部汉军阵亡七十二人，其中包括梅勒章京、甲喇章京十人、披甲人六十二人。以上各项相加，清军的阵亡人数就达到了二百六十人。
但这并非清军的全部损失，因为在档案的末尾，还标注有“不写入档子”的字样。这意味着，还有大量的伤亡情况被隐瞒，没有被记录在官方档案之中。因此，清军在这场战役中的实际损失，可能远远超过现有记载的数字。毕竟，为了攻克皮岛，满清投入了一名郡王级别的将领，以及大量的八旗护军精锐，历时整整两个月才最终拿下。仅仅是阵亡的中低层军官就有数十人之多，普通士兵的伤亡人数，必然是一个极为庞大的数字。更不用说战斗力远不如八旗精锐的朝鲜军队，其伤亡人数更是难以估量。
参考崇祯二年愣额礼等人攻打皮岛的战役，当时清军就损失了一千余人。而崇祯十年的这场皮岛之战，清军投入的兵力更多、战斗持续的时间更长、战斗的惨烈程度也更高，因此清军的损失，恐怕要远远超过崇祯二年的那次战役。有历史学家推测，清军在这场战役中的伤亡人数，可能达到了数千人之多。
但无论清军的损失有多大，皮岛终究还是沦陷了。这座孤悬海外的军事据点，大明帝国最后一个能够牵制满清的军镇，最终还是落入了清军之手。皮岛的失守，对大明帝国来说，是一个沉重的打击。从此之后，清军入关再也没有了后顾之忧，可以毫无顾忌地调动全部兵力，对大明帝国展开全面进攻。