后，他下令，朝廷所有官员，一律素衣素食，办理公务，以此来表示哀悼。
为了平息心中的怒火，为了给天下人一个交代，崇祯皇帝，当即撤了兵部尚书的官职，下令砍了凤阳巡抚和巡按御史的头，又把早已被革职闲住的五省督师，重新拉出来，定了死罪，斩首示众。崇祯皇帝，想用这种严厉的惩罚，震慑朝中官员，督促他们，尽心尽力，镇压农民起义军，守护好明朝的江山社稷。
可尽管如此，尽管崇祯皇帝，采取了如此严厉的措施，明朝的官军，仍然挡不住张献忠部队的进攻。张献忠，攻下凤阳之后，并没有停留，而是率领部队，挥师南下，继续征战。他们一路上，势如破竹，接连攻克了庐州、安庆、和州、滁州等多个城池，一直沿着长江，打到了江苏的仪征，一路所向披靡，无人能挡，明朝的官军，纷纷望风而逃，根本不敢与之抗衡。
后来，张献忠，又率领部队，回师向西，经过英山、霍山，与马守应率领的部队，会师于湖北麻城。两支大军会师之后，兵力更加雄厚，战斗力也更加强悍。接着，张献忠，又率领大军，从湖北进入河南，再从河南进入陕西，由商洛，打回了关中地区，一路辗转，征战千里，让明朝的官军，疲于奔命，根本无法形成有效的围剿。
张献忠的部队，转战千里，忽东忽西，灵活机动，专门选择官军的薄弱环节，发起攻击，一次次打破了官军，企图在中原地区，围歼农民军的战略计划，成为了明朝朝廷，最头疼的一股势力。张献忠，回到关中地区之后，与闯王高迎祥，在凤翔会合，两支大军联手，势力更加庞大，对明朝的统治，构成了巨大的威胁。
不过，常胜将军，也有战败的时候。后来，张献忠的部队，在与明朝官军的作战中，遭遇惨败，兵力受损，陷入了绝境，难以继续支撑下去。张献忠，深知，此时，若是继续硬拼，只会全军覆没，于是，他当机立断，派人给当时的五省总理熊文灿，送去了大量的钱财美女，请求投降，归顺明朝朝廷，以此来保住自己的部队，保住自己的性命，等待东山再起的时机。
令人意想不到的是，熊文灿，竟然真的接受了张献忠的投降，不仅没有处置张献忠，反而，还向朝廷上书，请求朝廷，赦免张献忠的所有罪行，任命张献忠为明朝的官员，让他继
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