小美是一个年幼的女孩，她的母亲很早就失踪了，她与她的父亲——著名宝可梦研究家秀力·史诺顿博士居住在一处名叫绿色草原的地方，这是一片可以使人心境安宁的大草原。
某天，秀力博士因为发现未知图腾的木刻板而神秘失踪，留下小美孤单一人生活在大宅内。
由助手帮忙带回的木刻板上记载了许多类似英文字母的图腾，感到无限孤独的小美便顺手排出了爸爸、妈妈、我（PAPA、MAMA、ME）等文字。
而不知名的宝可梦“未知图腾”就因此被召唤来到这世界上。由于“未知图腾”的力量，小美所居住的大房子渐渐被结晶所包围而形成了结晶塔。
“未知图腾”为小美建造结晶塔，是为了帮助小美忘却父母不见后的孤寂，但却加深小美深陷在完美的幻象世界里，渐渐的她的心逐渐化为结晶，整座塔也被水晶所覆盖。并不断向外扩展，使得小美与世隔绝；还创造出了炎帝扮作小美的父亲。
与此同时，四处旅行的小智一行人邂逅了训练家小凌，双方进行了对战后结成朋友。
他们来到了绿地镇，发现结晶继还在续向外扩散，开始吞噬一切。这时秀力博士失踪的消息已经传到了真新镇，大木博士和小智的母亲花子因为挂念他的安危也赶来了。
由于小美想要妈妈，在塔中化身为她爸爸的炎帝，便催眠了小智的妈妈，并将她绑架进结晶塔充当小美的妈妈。小智此时已经无法置身事外，必须设法驱除未知图腾们，解救妈妈和小美，摆脱结晶塔神秘力量的控制。
小智、小霞、小刚还有他们的宝可梦在小凌给予的宝可装置的帮助下，一边同在宝可梦中心的大木博士保持联系，一边向着结晶塔进发。
跟踪皮卡丘而来的火箭队三人组也尝试着调查宅邸，结果被炎帝击飞掉入了宅邸深处。小美在电视里看到小智一行人并进入了梦乡，幻想着她成为了一名宝可梦训练家。
由于在电视中看到小智，花子不被炎帝注意到地从恍惚中摆脱了出来。随后炎帝在梦境中制造了成年的小美并带她向小智一行人挑战。
为了拖延时间，小刚让小智和小霞先行离开，自己留下与小美对战。但小美幻想的宝可梦们实力远胜小刚；随后小美又幻想自己成为了一名道馆馆主，与小霞进行了水下友谊赛，但胜负未决。
小智终
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