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纵观《史记》，董仲舒的公羊学对司马迁的影响主要体现在以下三个方面：
其一，公羊家颂扬汤武革命，主张以有道伐无道。这种思想成为《史记》反对暴政的思想基础。在《史记》中，司马迁对暴君如夏桀、商纣、周厉王等进行了严厉的批判，而对明君如商汤、周武王、汉文帝等则给予了高度的赞扬。他认为，君主如果无道，人民就有权利推翻他，这正是公羊学“汤武革命”思想的体现。
其二，公羊家“尊王攘夷”，主张“大一统”的思想。这种思想成为《史记》贯串全书的主要观念。在《史记》中，司马迁强调汉朝的统一是历史发展的必然趋势，他对那些分裂国家、破坏统一的行为进行了坚决的反对。同时，他也赞扬了那些为维护国家统一做出贡献的人物，如秦始皇、汉武帝等。
其三，公羊家崇让、尚耻之义是《史记》褒贬历史人物的道德标准。在《史记》中，司马迁对那些品德高尚、谦让有礼的人物进行了赞扬，如孔子、孟子等；而对那些自私自利、不知羞耻的人物则进行了批判，如赵高、李斯等。他认为，一个人的品德修养是评价其历史地位的重要标准。
孔安国作为孔子的后人，家中藏有当世失逸的《古文尚书》十余篇，并且兼通今古文学。司马迁为了学习古文经学的故训，以及别择古文资料的古文学，掌握考信历史的方法，曾多次向孔安国请教《古文尚书》的问题。
《古文尚书》作为整个古文学的核心，对司马迁的《史记》创作产生了重要的影响。司马迁在写上古三代史时，从中引用了大量的资料。例如，在《史记·五帝本纪》中，司马迁就引用了《古文尚书》中的内容来考证五帝的事迹。同时，孔安国的学术思想也对司马迁产生了深远的影响，他教导司马迁要注重对历史资料的考证和辨析，要以客观、公正的态度来撰写历史。
司马迁对孔子充满了崇敬之情，他在《史记·孔子世家》中给予孔子“高山仰止，景行行止”的高度赞扬。他认为，孔子的学说和六艺经传是中国文化的精华，他要效法孔子的精神，继《春秋》作《史记》，完成一代大典。因此，在《史记》中，司马迁大量引用了儒家经典的内容，并且将孔子的思想作为评价历史人物和事件的重要标准。
人们向来将“发愤著书”当作司马迁的创
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