学识渊博的大臣主持藏书整理工作，其中最具代表性的便是班固的父亲班彪。班彪曾在西汉末年收集整理《史记》后续史料，刘秀任命他为兰台令史，负责校勘皇家藏书，辨别典籍真伪，分类整理篇目。在班彪等学者的努力下，朝廷对收集而来的典籍进行了系统梳理：凡残缺不全者，依据不同版本补缀完整；凡文字讹误者，参照善本校正；凡重复收录者，去重留存最优版本。同时，他们还按照西汉旧制，将典籍分为“六艺”（经书）、“诸子”“诗赋”“兵书”“数术”“方技”六类，分别藏于不同的藏书阁，便于查阅与管理。
经过数十年的积累与整理，东汉的皇家藏书规模迅速超越西汉。洛阳城内的“石室”“兰台”“仁寿阁”“东观”等藏书阁，旧典新籍叠积盈宇，汗牛充栋。据《后汉书·儒林列传》记载，至刘秀晚年，仅东观一处藏书便达数千卷，涵盖经史子集各类文献；建武十九年（公元43年），朝廷从长安迁还洛阳时，仅“经牒秘书”（即儒家经书与皇家秘籍）便装载了两千余辆马车，其规模之宏大，令人叹为观止。
这些藏书不仅成为东汉王朝制定政策、修订礼仪的重要依据，更为文人学者提供了研究与创作的素材——此后班固撰写《汉书》、许慎编撰《说文解字》、郑玄注疏五经，皆依赖于皇家藏书的支持。可以说，刘秀对典籍的收集与整理，不仅挽救了西汉末年濒临断绝的文化遗产，更奠定了东汉国家藏书的基础，为整个东汉时期的学术繁荣与文化发展提供了坚实的物质保障。
从兴办太学、尊孔崇儒，到表彰气节、重整典籍，刘秀在东汉初年推行的一系列文化举措，看似分散，实则围绕着一个核心目标：以儒家思想为纽带，重塑天下对汉室的认同，构建稳定的统治秩序。这些举措不仅让东汉在战乱后迅速实现了文化复苏，更塑造了东汉“重经学、尚气节、兴文教”的文化品格，影响深远。正如后世史学家评价：“光武之兴，非独以武功定天下，更以文治安社稷——其兴学崇儒、重整文脉之举，实乃东汉三百年基业之根本。”