求调整与东汉的关系。其中，最为重要的成果便是在永初五年（111年），高句丽太祖王高宫“遣使如汉，贡献方物，求属玄菟”。彼时，高句丽县早已不复存在，高句丽主动请求东汉中央政府将其划归玄菟郡管辖。自此，高句丽正式成为由东汉郡级政权管辖的地方王国，这种藩属关系一直维持到元初五年（118年）。
除了西北、北方的边疆战事之外，东汉的南方地区亦时有蛮夷叛乱发生。永元四年（92年）冬，溇中、澧中地区的蛮族首领潭戎等人，率领部族反叛大汉，叛军四处烧杀抢掠，焚毁官府邮亭，杀害掠夺官吏百姓，一时间，南方地区人心惶惶。当地郡兵迅速集结，出兵平叛，经过一番激战，最终击溃叛军，迫使潭戎率领部众投降，南方局势得以稳定。
永元五年（93年），武陵郡的蛮族部落发动叛乱，武陵郡兵奉命出征，大破武陵蛮叛军，斩杀其首领，彻底平定了叛乱。
永元十三年（101年）十二月，巫蛮部落起兵反叛，攻打南郡。永元十四年（102年）四月，刘肇派遣使者都督荆州兵马，前往南郡征讨巫蛮叛军。汉军兵威赫赫，巫蛮叛军难以抵挡，最终被迫投降，南郡的叛乱得以平息。
此外，永元十二年（100年）四月，日南郡象林县的“蛮夷”部族两千余人发动叛乱，侵扰当地百姓，焚毁官府衙署，地方秩序大乱。郡县官吏迅速组织兵马前往讨击，斩杀叛军统帅，其余部众见大势已去，纷纷归降。
为了防范象林县的蛮夷再度叛乱，永元十四年（102年）五月，刘肇下诏设置象林将兵长史一职，专门负责镇守象林县，防备蛮夷侵扰，南方边疆的安定自此有了更为可靠的保障。