接手五号堡的时候，地下走廊的墙壁里就已经预装了自动武器站——每一百米一个，隐藏在墙壁的夹层里，平时被银灰色的防辐射涂料覆盖，看不出来。武器站里装的是7.62毫米口径的六管旋转机枪，由计算机控制，能自动识别入侵者并开火。弹链连接到地下三层的弹药库，每个武器站配备了一千发子弹，足够连续射击两分钟。山本一郎测试过这些武器站，四十七个中有四十一个还能正常运转，剩下的六个因为电路老化已经失效了。他把失效的那六个标注在防御系统地图上，然后从弹药库里拆下它们的机枪，装在更重要的区域。
但五号堡最强的防御不是这些，而是它的伪装。
山本亲自设计了地面部分的伪装方案。他让人把地上残留的建筑全部拆掉，在废墟上堆满了碎砖、烂瓦、锈蚀的钢筋和碎裂的混凝土，有些地方还浇铸了假的弹坑，埋了假的辐射废料桶，甚至种了几丛只有在高辐射环境下才会生长的变异荆棘草。从远处看，这里和戈壁上任何一片被核弹犁过的荒地没有任何区别。
政府的逻辑很简单——让所有人都以为这里什么都没有，让所有人都绕道走。在末日之后的世界里，一片真正的废墟不会引起任何人的兴趣，而那些试图寻找旧世界遗物的人，在看到这片荒凉之后也会掉头离开。
五号堡的地下建筑群一共有一百四十层，从地面向下延伸七百米。最上面的二十层是生活区和办公区，住着研究员、技术人员、行政人员和他们的家属。中间四十层是实验室和培养区，包括生物实验室、化学实验室、武器研发中心、动物房和植物培养室。再往下四十层是仓储区和设备区，存放着旧世界遗留的物资、备用零件、燃料和弹药。最下面的四十层是禁区——核心实验室、阻断神秘生物巢穴的入口，以及冯·诺门后来建立的半机械改造中心。
但一百四十层的结构图只是五号堡的官方版本。实际上，这片地下区域的复杂程度远远超过任何一张图纸所能描绘的。
工程师在建造五号堡的时候，遇到了一个棘手的问题——这片区域的地下岩层布满了天然溶洞和裂隙。有些溶洞是数百万年前地下河冲刷形成的，蜿蜒曲折，分支无数，像一棵倒长的树，根系深入地下上千米。有些裂隙是地震造成的，把原本完整的岩层撕开了一道道口子，
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