国师余孽被彻底肃清，朝野恢复了难得的清净。林墨终于可以将全部的精力，投入到自己真正热爱的事业中去——整顿钦天监，革除积弊。
他深知，国师通玄真人把持钦天监数十年，其影响绝非一朝一夕可以消除。那些盘根错节的人事关系、那些约定俗成的陋规潜规则、那些被荒废已久的业务传统，都需要他花费大量的时间和精力，去一一梳理和纠正。
他做的第一件事，便是人事调整。他以国师案为切入点，将那些明确与国师一脉有勾结、或者在其位不谋其政、尸位素餐的官员，毫不留情地予以罢黜或调离。对于情节较轻者，他也给予了严厉的申饬和警告，让他们明白，过去的那些歪风邪气，在钦天监已经行不通了。
在清除害群之马的同时，他也大力提拔新人。像王博士那样，业务精湛、为人正直、却因不善钻营而长期被埋没的人才，被他一一发掘出来，委以重任。他还打破常规，从全国范围内征召了几位在民间享有盛誉的天文学者和历法专家，充实到钦天监的研究队伍中来。
他做的第二件事，是整肃风气。他重新修订了钦天监的内部规章，明确了各岗位的职责和权限，完善了考核和奖惩制度。他严禁官员之间结党营私、收受贿赂、泄露机密。他还设立了一个类似于“纪检”的督察小组，由几名德高望重、刚正不阿的老官员组成，负责监督同僚的行为，一旦发现违规者，严惩不贷。
为了提高工作效率，他还简化了许多不必要的公文流程，减少了文牍主义。他要求所有官员，必须将主要精力放在业务钻研和实际观测上，而不是浪费在无谓的应酬和交际上。
他做的第三件事，也是他认为最重要的一件事，便是回归主业。钦天监的根本，在于观测天象、编撰历法。但在国师把持期间，这些核心业务都被严重忽视了。天象观测流于形式，记录残缺不全；历法编撰多年未曾系统修订，误差日益积累；至于风水择日等业务，更是成为了国师敛财和弄权的工具，充满了迷信和欺诈。
林墨决心拨乱反正。他首先恢复了钦天监严格的夜间观星制度，要求值班官员必须按照规定的程序和格式，详细记录每一次重要的天象变化，包括日食、月食、行星运行轨迹、彗星出现等等，并定期汇总上报。他还亲自带头，对钦天监收藏的各种古代和现
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