制虽严，却也埋下了后世地方权重、行省坐大、割据自立的千年隐患。
同时，南北制度强行归一、宋制彻底废除，江南士族心中故国余思、制度割裂之痛，久久难消。新官上任、新政落地、新规施行，南北治理差异、官制隔阂、民心疏离，自此代代积淀，成为大元王朝难以弥合的南北裂痕。
世人只见大元改制立新、疆域鼎盛、制度恢弘，却不知这奠定王朝基业的行省新规，亦是埋下王朝速亡的隐形祸根。