神的帮助下，又扫荡了一番各地水域作乱的残余小妖。至此，参与作乱的妖怪几乎灭绝。大禹开始正式的治水。
禹接受任务以后，立即与益和后稷一起，召集百姓前来协助。他视察河道，检讨鲧失败的原因，吸取了父亲治水失败的教训，决定改革治水方法，变堵截为疏导，对黄河之水顺其自然，以疏导为主。亲自翻山越岭，淌河过川，拿着工具，从西向东，一路测度地形的高低，树立标杆，规划水道。 他带领治水的民工，走遍各地，根据标杆，逢山开山，遇洼筑堤，以疏通水道，引洪水入海。
禹为了治水，费尽脑筋，不怕劳苦，从来不敢休息。他与涂山氏女名女娇新婚不久，就离开妻子，重又踏上治水的道路。
后来，他路过家门口，听到妻子生产，儿子呱呱坠地的声音，都咬著牙没有进家门。
三次经过的时候，他的儿子启正抱在母亲怀里，他已经懂得叫爸爸，挥动小招呼，禹只是向妻儿挥了挥手，表示自己看到他们了，还是没有停下来。禹三过家门不入,正是他劳心劳力治水的最好证明。
禹亦关心百姓的疾苦。有一次，看见一个人穷得把孩子卖了，禹就把孩子赎了回来。
见有的百姓没有吃的，他就让后稷把仅有的粮食分给百姓。禹穿着破烂的衣服，吃粗劣的食物，住简陋的席篷，每天亲自手持耒锸，带头干最苦最脏的活。
几年下来，他的腿上和胳膊上的汗毛都脱光了，手掌和脚掌结了厚厚的老茧，躯体干枯，脸庞黧黑。
如此，禹先是用了六年时间将海、淮、济三河疏通河道，后又用了七年时间来疏通黄河河道，眼看治水就要功成，却是发现黄河河道被龙门山挡住了去路。那龙门山绵延几千里，黄河改道自是不成，而其又是九天息壤所化，众人如何凿得开？
禹只暗暗叫苦，将此事和凌霄商议。凌霄又化成万丈五爪金龙真身，尾巴狠狠地往龙门砸下。龙门大开，从此黄河之水便从此流向大海。