使司南雄府官员重视，集结好乡兵进行镇压，王子龙被抓斩首，妖僧李圆朗则在4月初9日被，明督察院右都御史兼南赣巡抚：秦耀，俘虏五马分尸。
4月20日，明兵部尚书：赵焕，根据明都察院左佥都御史兼福建巡抚：周寀，的建议以漳州府沿海居民贩海通倭寇为由，规定东、西二洋，各派船只四十四艘，不得超过限额。
6月初6日，北直隶河间府沧州、静海县、吴桥县，一带运河地区刮起大风，漕船互击淹溺二十三人，失去漕米三千一百五十七石。
同时明云南巡抚：萧彦，调集云南都指挥使司的滇军以及土司兵，对叛军进行围剿，于6月11日彻底平定，明楚雄府副总兵也因此被调去广西承宣布政使司。
9月17日明建州左卫军民指挥使：爱新觉罗·努尔哈赤，在解决了建州女真栋鄂部问题之后，因有栋鄂部首领：栋鄂·何和礼，前来率部投降，再加上建州女真苏完部首领：瓜尔佳·索尔果、建州女真雅尔古部首领：佟佳·扈尔汉，均率部来降使得建州左卫军民指挥使司兵力大增。
当即决定厚待来投诸部女真首领，对苏完部首领：瓜尔佳·索尔果，长子：瓜尔佳·费英东，授封为「一等大臣」在把台吉：爱新觉罗·褚英，长女：爱新觉罗·东果，许配给栋鄂部首领：栋鄂·何和礼，在收雅尔古部首领：佟佳·扈尔汉，为养子赐姓〈觉罗〉。
并在孙女婿栋鄂部首领：栋鄂·何和礼，的挑拨离间之下让明建州左卫军民指挥使借着回师之际，趁机攻打王甲城灭了建州女真完颜部，以报自己灭族之仇。
就这样建州左卫军民指挥使司开始转而回师，进去了王甲城地区，建州女真完颜部首领：完颜·荪扎秦光衮，得知好友归来，自然是毫不犹豫地下令开门迎接。
因此建州左卫军民指挥使司军队进城之后，随之而来的便是气势汹汹地栋鄂女真部军队，慌乱之时建州女真完颜部首领连忙布置城防，以及下令关闭城门。
还祈求建州左卫军民指挥使帮助他对抗外敌，谁知明建州左卫军民指挥使却要他投降献城归顺。
眼看城下栋鄂女真部军队攻城很急，由不得他考虑太多！情急之下建州女真完颜部首领便答应了要求。
这下明建州左卫军民指挥使才在城楼上面示意停止攻城，仅仅只是捆绑了完颜·戴度
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