只好下令停止攻城，运来城外各种远程火炮轰城，直到城墙崩塌，明军们才一扑而上攻击叶赫女真东西两城士兵死者无算。
还斩杀叶赫女真部东城主帅：纳拉·把当亥，以及叶赫女真部东西两城士兵五百五十四人，在明军的巨炮轰击下，城中的叶赫女真两城士兵们开始恐慌起来，城中皆哀嚎哭泣。
也让哈达女真部贝勒：纳拉·孟格布禄，高兴不已！明军在攻破外城之后，又以吕公车和云梯去内城墙下，又将攻城的火炮对准了内城目标，在几声火器轰炸过后才让叶赫女真东城贝勒感到害怕起来，连忙出城向明辽东总镇总兵乞降，并表示愿意归还所抢掠的哈达女真部敕书，接受朝廷条件，按期向朝廷称臣纳贡。
于是明辽东总镇总兵很爽快地接受了叶赫女真东城贝勒和西城贝勒的乞降，下令停止攻城，并且禁令明军趁机侵掠叶赫女真部军民，开始班师撤军。
4月初1日，叶赫女真部东城贝勒：纳拉·纳林布禄、叶赫女真西城贝勒：纳拉·布寨，按照乞降时明辽东总镇总兵：李成梁，的要求放还了被自己囚禁以及私自拥立的哈达女真部酋长：纳拉·康古鲁。
不过也使得朝廷在对待叶赫女真东城贝勒时，朝廷仍然放心不下来，故此在其乞降放还纳拉·康古鲁，之后朝廷就下谕道“往若效顺，朝廷赏不薄，江上远夷以貂皮、人参至，必籍若以通，若布帛、米盐、农器仰给于我，耕稼围猎，坐收木枲、松实、山泽之利，为惠大矣，今贡事绝，江上夷首梗，皆怨若，我第传檄诸部，斩二酋头来，俾为长，可无烦兵诛也，今贷若，若何以报！”
朝廷的恫吓，使叶赫女真东城贝勒往日的行径有所收敛，不得不按照朝廷的旨意行事，与哈达女真部均分敕书，分守边境互不侵犯。
7月21日晚上戌时，南直隶苏州府、松江府，等地东风怒卷，导致太湖水涨潮高达二丈，大风拔木仆屋，田禾皆被淹没。
7月27日又有大雨昼夜不绝，使得禾苗腐烂！庐舍漂没，居民大饥，复又起大疫，迫使米价暴涨，斗米白银二钱、斗麦白银一钱。
时人啖糠屑，以豆饼作粥，继而又以草根树木为食，饥民尸体甚多，饿殍填塞，街巷濠堑浮死遍野，舟船皆不能行，城内外积骸如山。
朝廷不得不下发南直隶各部衙门库银，用来赈灾安民以
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