川贵总督则当即下令，让各路将领分开时间轮番进攻。
6月初5日，叛贼首领长子：杨朝栋，等一百余人为明军俘获，部众二万余人被歼灭。
6月初6日，明湖广总镇总兵：陈璘，明广东总镇总兵：吴广，等将领一起进入海龙屯，明湖广总镇总兵在晚上四更时分让士兵含竹木片上山，趁匪徒熟睡之际，杀死守关的匪徒，树起白旗，鸣放大炮，匪徒惊慌逃窜。
关键时刻叛贼首领：杨应龙，不愿意被俘，便与妻妾一起相继自杀，至此〖播州之乱〗被平定，此战前后花费白银；二、三百万两，将士们死伤不计其数，到此闻名东方的「万历三大征」正式结束。
随即明军调转兵峰直扑黎平府反贼。
10月13日，天皇上将：吴国佐，在黎平府兵败被俘，斩其部众五百八十余人。
11月初2日，南北两京直隶以及各地承宣布政使司灾害严重，又苦增矿税，兵民多起为盗，因而有浙江承宣布政使司百姓：赵一平，以妖术倡乱。
还大肆宣扬至南直隶徐州，遇到同党：孟化鲸，等人联合起来招集众人，自称是；宋皇朝后裔，建立官署，拟于明年二月约集各方人马同时起事。
怎奈被南直隶南镇抚司锦衣卫队察觉，事情败露，赵一平被杀，其余同党未及起事而失败。
12月初3日，叛贼：吴国佐，被贵州承宣布政使司衙门处以斩立决伏诛，明军又献俘叛军首领：杨应龙，至京师由明神宗：朱翊钧，下令碎尸万段，并斩叛军首领长子：杨朝栋，及其家族党羽于京畿外城宣武门菜市口。
次年4月初6日，分四川承宣布政使司播州宣慰使司之地为遵义军民府首府威远卫，其治下为遵义县，另外还分一半领土划给了贵州承宣布政使司平越军民府，并改土官为流官，既；派遣汉人官员充任地方原本的土司家族职位，史称「改土归流」。
12月初5日，泰西国（意大利人）欧洲耶稣会传教士：利玛窦，泛海八万里，来到东方亚洲大陆上的大明帝国，先后在广东承宣布政使司广州府、肇庆府、韶州府、南雄府，江西承宣布政使司南昌府、南直隶苏州府等地进行传教活动，并学习大明江淮官话。
还广泛与大明地方官吏和士大夫接触，以了解大明帝国的国情和风俗礼仪。
之后由南直隶北上，在京畿北直隶天津卫居住了
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