·阿尔通阿、三子：爱新觉罗·扎萨克图）两人均被明建州左卫军民指挥使派兵诛杀，包括明建州右卫军民总旗：纳拉·武尔坤，也被处死。
但明建州左卫军民指挥使的余怒还未消，仍打算将他的次子：爱新觉罗·阿敏，处死，只是在自己的第八子：爱新觉罗·红歹是（爱新觉罗·皇太极）等人的极力求情下，才逃过一劫免于一死，不过他的一半家产被没收。
面对兄长咄咄逼人的姿态，明建州右卫军民指挥使开始复仇出发，谁知战败！失去了继续抗争的勇气。
他知道自己的实力远远不如兄长，而且他所指望的靠山，驻扎在辽东都指挥使司的明军，也处在岌岌可危的境地，根本不是没有出手的意思。
在万念俱灰的绝望处境下，明建州右卫军民指挥使回到了兄长的帐下，但是这次兄长明建州左卫军民指挥使对他不再讲兄弟情谊了，而是直接把他囚禁在一间暗室之中，用铁链锁住，仅有两个孔穴给他送食物。
这下建州女真八部又壮大了许多，明神宗为了牵制建州女真八部的发展，才不得已派遣了明行人司行人：刘用，出使李氏朝鲜王国，正式册封李氏朝鲜光海君为李氏朝鲜国王（大明李氏朝鲜郡王）。
但大明礼部还是拒绝承认李氏朝鲜光海君，是大明帝国的郡王，直到李氏朝鲜官员们贿赂礼部才打通关系，勉强承认但也让李氏朝鲜光海君开始讨厌大明帝国。
3月10日，袄儿都指挥使司漠南蒙古河套部首领：拱菟，集合兵力开始报复大明，遂率众五千余人进入辽东都指挥使司大胜堡，明广宁中屯卫游击将军：于守志，率兵出击兵败。
致使漠南蒙古河套部首领俘获了明大胜堡总兵：耿尚文，将其五马分尸，且在大胜堡一带大肆杀掠，还深入小凌河22里地。
然而明辽东总镇总兵：杜松，却驻扎大凌河，没有前往救援，导致明军大败。
12月初5日，南直隶扬州府刘家庄百姓造反，杀死明如皋县知县：张藩，致使军情紧急明漕运总督：李三才，立即奏报明泰州知州：刘民爱，又遭遇了明高邮卫指挥使：王正国，等将领失事，并说“因各处饥荒，故流民日众，且千百成群，正在行劫，非速免租，进行救济，安抚人民，否则后果将不堪设想。”