部尚书有些羞愧难当，不久便卧病在床。
3月初8日，明熹宗下令简选精兵，训练于皇宫大内，此事被明司礼监掌印太监：魏忠贤，给总揽下来并按照京军与东厂锦衣卫组织起一批军队，专门训练冷兵器与火器。
每次训练之时，都由明司礼监掌印太监：魏忠贤，手持令旗，三军悉听其指挥，其后内操火器兵增至万人，穿甲出入，金鼓之声震动宫内外。
3月18日，明户、工、兵，三部左侍郎：王在晋，代熊廷弼以及张尚书为〈兵部尚书兼都察院右副都御史，领辽东总镇经略〉另外又负责节制；蓟州镇、天津三卫、登州府（登州卫、莱州府（莱州卫）的海防军务，明熹宗特赐其蟒袍玉带和尚方宝剑。
新任的明兵部尚书兼都察院右副都御史领辽东总镇经略：王在晋，当时分析关外形势说道“东事离披，一坏于清河堡、抚顺守御千户所，再坏于开原卫、铁领卫，三坏于辽阳卫、沈阳中卫，四坏于广宁卫等地，初坏为危局，再坏为败局，三坏为残局，至于四坏，乃捐弃全辽，则无局可布矣！逐步退缩之于山海卫关内，此后再无一步可退。”
此外明辽东总镇经略：王在晋，还评价道“之前毛参将收复镇江堡，擒缚叛贼佟养真，致使辽南四卫震动，人心响应，闻报之日，缙绅庆于朝，庶民庆于野，是自清河堡、抚顺守御千户所失陷以来，费千百万金钱，萃十数万兵力，不能擒其一贼。此一捷也，真为空谷之音，闻之而喜可知也。“
然而明兵部尚书：张鹤鸣，视察辽东都指挥使司复命时，却说“自辽患以来，总镇经略死难系狱，累累匪一，今日总镇经略，难于前日之总镇经略万备矣，王总镇铁骨赤心，雄才远略，识见如照烛观火，肩重如迎刃理丝，但秉正不阿，人醉独醒，独臣于明初（王在晋字）两人耳～王明初不足惜，如辽事何，此今日酿辽事大祸根也，此臣不顾嫌疑，不顾仇害，为国家大计而吐肝胆于陛下之前也。”
可以说对王总镇经略推崇备至。
就连明蓟辽总督：王象乾，也上奏建议王总镇经略宣称“得广宁卫不能守也，获罪滋大，不如重关设险，护山海卫，以佑京师。”
于是明辽东总镇经略就以「抚虏、堵隘」守山海卫的方略，在《题关门形势疏》中，写道；画地筑墙，建台结寨，造营房，设公馆
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