6月11日，远在湖广承宣布政使司德安府应山县被贬为平民的杨涟，正被北镇抚司锦衣卫缇骑给逮捕押送起京，沿途群众闻讯，皆为杨涟报不平。
他们自动夹道哭送，所过里屯村寨地区，百姓们都悉焚香祈祷，保佑杨大人早日归来。
当时在明德安府知府：李行志、明应山县知县：夏之彦，等的倡议下四门设柜，捐俸首倡，百姓们大多数都出钱捐献，以求阉党与北镇抚司能够善待杨大人，最终只筹集了一万余两白银。
6月28日，杨涟被下北镇抚司诏狱审讯，明北镇抚司锦衣卫指挥佥事直接将北镇抚司锦衣卫诏狱的诸多酷刑，以及东厂酷刑均一一用于杨涟身上，几乎把他折磨得遍体鳞伤，奄奄一息。
后来提审时杨涟被折磨得无法坐立，明北镇抚司锦衣卫指挥佥事：许显纯，便让打手给杨涟带上「桎梏」拖他到堂上躺在地下受审。
但杨涟仍不屈服，还在狱中写下《绝笔》，继续陈述［移宫案］的真相，并痛斥明司礼监掌印太监兼东厂提督：魏忠贤，祸乱朝纲之事。
气得九千岁魏公公七窍生烟，当即下令明北镇抚司锦衣卫指挥佥事立即动手杀掉杨涟。
7月21日亥时，明北镇抚司锦衣卫指挥佥事令北镇抚司锦衣卫缇骑们在狱中对杨涟，处以土囊压身、铁钉贯耳，等手段用来加害杨涟，所幸杨涟并未身亡，只是受了重伤。
7月24日，明北镇抚司锦衣卫指挥佥事打算亲自动手以一枚大铁钉，直接钉入杨涟头部，将其谋害。
临刑前杨涟得知命不久矣！便当即咬破手指，写下血书一封，称“欲以性命归之朝廷，不图妻子一环泣耳！”
写完便仰天大笑，被钉入大铁钉身亡，时年54岁！
9月初8日，从盖州卫处南逃过来宁远卫的前明盖州卫生员：刘伯镪，自后金归来时，遇到驻守明军时声称有重要情报？（疑是后金派来的奸细？）
当即就被带去军营内，面见了驻守在广宁中屯卫的明山海卫总兵：马世龙，据这位从后金归来的生员，介绍称“如今耀州驿城防不备，且有建奴四王子率兵三百在此巡视，可派遣大军取之。”
面对这个突如其来的消息，明山海卫总兵不敢大意，他第一时间上报给了在广宁右屯卫的明辽东总镇经略：孙承宗，两人经过商议后决定立即出击，并没有通知远在山海卫处
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