到刑部、都察院、监察御史、断事司。
接着是吏科、户科、礼科、兵科、工科、再则就是应天府府尹、五城兵马指挥使司、钦天监，若太常寺奏祭祀之事则当在各司之先。
每次早朝明太祖都身穿冕服十二章亲自御驾奉天门（御门之内），让百官行叩头礼，待礼毕才分班序立，以仪礼司依次赞某衙门奏事，奏毕复入班，伺各司奏毕俱退。
若明太祖亲自御驾奉天殿内，则奏事官员穿着朝服按照等级排列，正四品以上升殿以次奏毕先退，其余官员不能入殿，只能候在中左、中右门外两廊等待，奏事官出则皆出。
若明太祖入文华殿启事则穿衮服，以詹事府在先，其余衙门官员均穿公服按照等级排序，凡晚朝唯有通政使司、六科给事中、守卫官奏事，其余各衙门有军情重事方许奏闻，其余皆不许。
明太祖还模仿周礼制度沿袭历朝历代皇帝服饰，并下令全国男子戴「网巾」还下令规定宦官永世不得干政，并对外宣布〔皇明祖训〕中的15个不征之国分别是；李氏朝鲜、室町幕府、大琉球国、小琉球国、安南国、暹罗国、占城国、苏门答喇国、西洋国、真腊国、爪哇国、彭亨国、白花国、三弗齐国、渤泥国，并且发布（禁海令）规定除了福建承宣布政使司的福建水师能在泉州卫统治下的泉州卫市舶提举司，以及浙江承宣布政使司明州卫统治下的明州卫市舶提举司活动外，就只剩下广东承宣布政使司的广州府统治下的广州府市舶提举司了。
对内明太祖还打压贪官污吏规定无论王公贵族还是朝廷大臣，只有受贿二两银子就被定罪夺官职，贪污六十两者立刻斩首。
其次明太祖统治期间把国家治理得很好，尤其是下令善待百姓得到一致好评，还设立全国都司卫所，明洪武年间总计有；547个卫、2563个守御千户所与备御千户所，并规定各地招募军户实行屯田制度以此补充兵力加强地方防御。
明洪武三十一年公元1398年6月24日，71岁的明太祖在应天府死去，被葬入〈明孝陵〉上谥号「开天行道肇纪立极大圣至神仁文义武俊德成功高皇帝」简称；大明太祖吴王高皇帝。
之后由皇太子既（明皇太子：朱允炆）即位改次年年号为〈建文元年〉是为「明惠宗」。